农合归哪里管理

农村合作医疗制度（简称农合）的管理和监督主要由国家卫生健康委员会（现已整合为国家卫生健康委员会）负责。此外，根据2018年国务院机构改革方案，新农合的管理职责已经整合至中华人民共和国国家医疗保障局。

具体到农合资金的管理，农合的保费由农村居民个人和政府共同出资缴纳，其中个人出资部分一般直接交给村集体或乡村医生，由医生负责代缴至地方县级新农合管理办公室，而政府出资部分则由各级财政部门划拨至地方县级新农合管理办公室的账户。

因此，农合的管理和监督主要由国家卫生健康委员会（或国家医疗保障局）负责，而农合的资金则交由地方县级新农合管理办公室管理和使用，用于为农村居民提供医疗保障和支持基层医疗机构。